Δεκτή έκανε το Ε’ Τμήμα του Συμβουλίου της Επικρατείας αίτηση κατοίκων και ιδιοκτητών ακινήτων του Δήμου Ζαχάρως Ηλείας που ζητούσαν να ακυρωθεί η από 30.5.2006 υπουργική απόφαση με την οποία εγκρίθηκαν οι περιβαλλοντικοί όροι για την κατασκευή του τμήματος της Ιονίας Οδού που διέρχεται από την λίμνη Καϊάφα. Πιο συγκεκριμένα, σύμφωνα με τη δικαστική απόφαση, η λίμνη Καϊάφα εντάσσεται στο δίκτυο Natura 2000. Το ΣτΕ έκανε ακόμη δεκτούς τους ισχυρισμούς όσων προσέφυγαν σε αυτό, σύμφωνα με τους οποίους επιλέχθηκε παράνομα η χάραξη της Ιονίας Οδού από τον Τόπο Κοινοτικής Σημασίας της λίμνης Καϊάφα, χωρίς να εκτιμηθεί ότι αυτό θα έχει σημαντικές επιπτώσεις στην λίμνη, όπως και στην πανίδα και χλωρίδα της περιοχής. Έλαβε δε υπόψιν του την προειδοποιητική επιστολή της Επιτροπής της Ευρωπαϊκής Ένωσης η οποία έκανε ιδιαίτερη αναφορά στις σημαντικές επιπτώσεις του έργου κατασκευής της Ιονίας Οδού στο περιβάλλον της λίμνης Καϊάφα. Στην ίδια επιστολή επισημαίνεται ότι δεν ελήφθησαν τα κατάλληλα μέτρα, με αποτέλεσμα να υπάρχει σοβαρός κίνδυνος για τα οικολογικά χαρακτηριστικά της περιοχής.