Αμφιβολίες για την πραγματική περιβαλλοντική συνεισφορά της βιομάζας και των βιοκαυσίμων προκύπτουν από δύο έρευνες που παρουσιάστηκαν σε εκδήλωση του Θ. Σκυλακάκη στο Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο, σε συνεργασία με την Ευρωβουλευτή Kathleen Van Brempt των ευρωπαίων Σοσιαλδημοκρατών και τον Ευρωβουλευτή των Πρασίνων Bas Eickhout.
Η Ευρωπαϊκή Ένωση έχει θεσμοθετήσει τον στόχο του 20% για τις ανανεώσιμες πηγές ενέργειας μέχρι το 2020 και του 10% των καυσίμων για τις μεταφορές από ανανεώσιμες πηγές ενέργειας, με τον ίδιο χρονικό ορίζοντα. Η βιοενέργεια, συμπεριλαμβανομένων των απορριμμάτων και της στερεάς βιομάζας, αναμένεται να αντιπροσωπεύει το 60% της ανανεώσιμης ενέργειας στην Ευρώπη και τα βιοκαύσιμα περισσότερο από το 10% της ανανεώσιμης ενέργειας που θα χρησιμοποιείται στις μεταφορές.
Οι νέες έρευνες από την BirdLife International, το European Environmental Bureau και τον οργανισμού Transport and Environment αποδεικνύουν ότι αυτές οι πολιτικές μπορεί να αυξήσουν τις εκπομπές αερίων του θερμοκηπίου σε σχέση με τις εκπομπές από τα ορυκτά καύσιμα, ενώ αρχικός τους σκοπός είναι ακριβώς το αντίθετο. Σύμφωνα με τα συμπεράσματα των ερευνών, η αξιοποίηση των δέντρων για την παροχή ενέργειας δημιουργεί ένα "χρέος άνθρακα" (carbon dept) το οποίο δε συνυπολογίζεται στον περιβαλλοντικό αντίκτυπο χρήσης των βιοκαυσίμων: Το χρέος άνθρακα δημιουργείται όταν η βιομάζα από την ξυλεία καίγεται, εκλύεται άμεσα στην ατμόσφαιρα διοξείδιο του άνθρακα και η ανάπτυξη των δέντρων που θα απορροφήσουν το διοξείδιο του άνθρακα χρειάζεται δεκαετίες ή αιώνες έως ότου ολοκληρωθεί, με αποτέλεσμα η βιομάζα να είναι εξ ίσου επιβλαβής για το κλίμα με τα ορυκτά καύσιμα τα οποία καλείται να αντικαταστήσει. Οι εν λόγω έρευνες υποστηρίζουν ότι ενώ η ανάκτηση της βιομάζας από τα απορρίμματα μπορεί να έχει πλεονεκτήματα σε όρους μείωσης των εκπομπών, η αύξηση της υλοτόμησης υπαρχόντων δασών δε θα οδηγήσει στην επίλυση της κλιματικής κρίσης και αυτός είναι ένας μόνο από τους τομείς που επηρεάζει η παραγωγή ενέργειας από τη βιομάζα, χωρίς να εξετάσουμε τις επιπτώσεις της στη βιοποικιλότητα ή στην αποσάθρωση του εδάφους.
Στις έρευνες εξετάστηκε επίσης ο συνολικός κλιματικός αντίκτυπος των βιοκαυσίμων, τα οποία χρησιμοποιούνται περισσότερο στην Ευρώπη. Συγκεκριμένα εξετάστηκε ο αντίκτυπος της επέκτασης της αγροτικής γης σε περιβαλλοντικά ευαίσθητες περιοχές, όταν η παραγωγή τροφίμων αντικαθίσταται από καλλιέργειες που προορίζονται για καύσιμα, διαδικασία η οποία είναι γνωστή ως έμμεση αλλαγή χρήσης γης (indirect land use change-ILUC). Η έρευνα, η οποία βασίστηκε σε ερευνητικά προγράμματα της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, καθώς και σε άλλα διεθνή ερευνητικά μοντέλα, συμπέρανε ότι εφόσον λάβουμε υπόψη την έμμεση αλλαγή χρήσης γης, οι παρούσες γενιές βιοκαυσίμων είναι τόσο επιβλαβείς για την κλιματική αλλαγή όσο είναι τα ορυκτά καύσιμα και προτείνει συγκεκριμένους τρόπους για να διορθωθούν οι υπολογισμοί του ισοζυγίου αερίων του θερμοκηπίου ώστε να λαμβάνεται υπόψη η εκπομπή αερίων από την έμμεση αλλαγή χρήσης γης.