Την αντίδραση του Παναθηναϊκού προκάλεσε η πρώτη του υπουργείου Περιβάλλοντος για τον Βοτανικό. Σε ανακοίνωση που εξωέδωσε λίγες ώρες μετά την επίσημη ανακοίνωση επισημαίνει ότι: «H δέσμη προτάσεων που παρουσιάστηκε σήμερα από πλευράς Υπουργείου Περιβάλλοντος και Κλιματικής Αλλαγής ανατρέπει πλήρως τα μέχρι σήμερα δεδομένα αναφορικά με την κατασκευή του Νέου Γηπέδου Παναθηναϊκού του στο Βοτανικό:
Συγκεκριμένα:

• Ακυρώνει στην πράξη την από 18/09/2009 εκδοθείσα οικοδομική άδεια του γηπέδου

• Ανατρέπει την από 26.02.08 σύμβαση μεταξύ Δήμου Αθηναίων – ΠΑΕ Παναθηναϊκός

• Προκαλεί σε κάθε περίπτωση σημαντική χρονική καθυστέρηση στην έναρξη των εργασιών ανέγερσης του γηπέδου

Η ΠΑΕ Παναθηναικός είχε προτείνει μία εφικτή, σύννομη και εφαρμόσιμη λύση που θα επέτρεπε την άμεση ανέγερση του γηπέδου του Παναθηναϊκού στον Βοτανικό- η οποία, ωστόσο, δεν έγινε αποδεκτή.

Με γνώμονα την προστασία των δικαίων αιτημάτων και συμφερόντων του Παναθηναϊκού οι παραπάνω προτάσεις θα μελετηθούν ενδελεχώς για να αποφασιστούν οι επόμενες κινήσεις».