Δύο πολύ σοβαρά προβλήματα έχουν να αντιμετωπίσουν τώρα όσοι προχώρησαν σε τακτοποίηση. Το σύνολο όσων μπήκαν στη ρύθμιση, παρά το γεγονός ότι έχουν ήδη πληρώσει πάνω από 473.000.000 ευρώ και θα πρέπει να πληρώσουν ακόμα 1,5 δισ. ευρώ σε δόσεις για την αποπληρωμή των προστίμων, συνεχίζουν να θεωρούνται παράνομοι. Δεν είναι νομικά κατοχυρωμένοι άρα είναι και εκτεθειμένοι απέναντι σε οποιαδήποτε αλλαγή του νόμου. Αιτία γι' αυτό αποτελεί το γεγονός ότι το υπουργείο Περιβάλλοντος δεν προχώρησε ποτέ, ως όφειλε, τη διαδικασία της δεύτερης φάσης. Η δεύτερη φάση, σύμφωνα με το νόμο που ψηφίστηκε πέρυσι το Καλοκαίρι, έπρεπε να ξεκινήσει από τον Οκτώβριο του 2011. Για να γίνει αυτό όμως έπρεπε το υπουργείο να προχωρήσει στην έκδοση μιας σειράς εγκυκλίων. Αυτό όμως δεν έγινε ποτέ. Σε αυτή τη β' φάση οι πολίτες και οι μηχανικοί τους έπρεπε να καταθέσουν μια σειρά δικαιολογητικών και μόνο ύστερα κι από αυτόν τον έλεγχο θα ολοκληρωνόταν νομικά η διαδικασία της τακτοποίησης. Ένας στους έξι ιδιοκτήτες που μπήκαν στη ρύθμιση, το έκαναν χωρίς να καταθέσουν ιδιωτικά έγγραφα που να πιστοποιούν το χρόνο ανέγερσης των κτιρίων τους. Το δικαίωμα αυτό τους το έδωσε τροποποίηση του νόμου που έγινε από το υπουργείο Περιβάλλοντος.
Με τον τρόπο αυτό όμως, άνοιγε... παραθυράκι που έδινε το δικαίωμα σε κάποιους να χτίσουν νέα αυθαίρετα και ψευδώς να δηλώσουν ότι τα έχτισαν πριν από τον Ιούλιο του 2011 που είναι ο χρόνος που έθετε ο νόμος. Επιπλέον, πολλοί με ψευδείς δηλώσεις «γέρασαν» τα σπίτια τους προκειμένου να πληρώσουν μικρότερο πρόστιμο αφού προβλέπονται εκπτώσεις με βάση την παλαιότητα του κτιρίου. Όλο αυτό σταμάτησε μετά την παρέμβαση του ΣτΕ τον περασμένο Μάρτιο το οποίο κατέστησε σαφές ότι τακτοποιήσεις πρέπει να γίνονται μόνο με την προσκόμμιση δημοσίων εγγράφων. Αποτέλεσμα αυτού είναι να βρίσκονται στον «αέρα» όσοι δεν κατέθεσαν δημόσια έγγραφα (περίπου 50.000 περιπτώσεις) καθώς δεν υπάρχει κανείς να τους πει αν πρέπει να επιστρέψουν στη διαδικασία και να υποβάλουν εκ νέου έγγραφα ή όχι. Όμως, μέσα σε αυτές τις 50.000 υπάρχουν αρκετοί που έκαναν ψευδείς δηλώσεις και αυτοί τώρα, με βάση το νόμο, θα πρέπει να αντιμετωπίσουν ποινικές κυρώσεις.
Πάντως, οι ρυθμοί της τακτοποίησης παραμένουν χαμηλοί αφού μέχρι τώρα έχουν μπει στη ρύθμιση περίπου 327.000 αιτήσεις, αριθμός που υπολείπεται σημαντικά από τη συντηρητικότερη εκτίμηση για πάνω από 1 εκατ. αυθαίρετα σε όλη τη χώρα. Η προθεσμία υποβολής αιτήσεων για την υπαγωγή στη ρύθμιση των αυθαιρέτων έχει παραταθεί μέχρι και τις 30 Ιουνίου του 2012. Η αντίστοιχη προθεσμία για την υποβολή του τεχνικού φακέλου, για τις υποβαλλόμενες, μετά τις 28 Φεβρουαρίου του 2012 αιτήσεις, έχει παραταθεί μέχρι τις 30 Σεπτεμβρίου του 2012. Δεν θεωρείται απίθανο να αποφασιστεί και νέα παράταση, κάτι που ζητούν αρκετοί φορείς, μεταξύ αυτών και το ΤΕΕ (Τεχνικό Επιμελητήριο Ελλάδος). Τα μέχρι τώρα εισπραχθέντα έσοδα (παράβολα και εισπραχθέντα πρόστιμα) είναι της τάξεως των 473 εκατ. ευρώ και η εκτίμηση είναι πως αν όλες οι κατατεθειμένες αιτήσεις φθάσουν στο τελικό στάδιο τα συνολικά έσοδα θα είναι της τάξεως των 2 δισ. ευρώ.