Μέτρα προστασίας του όρους Πάρνωνα και του υγρότοπου Μουστού παίρνει το Υπουργείο Περιβάλλοντος, Ενέργειας και Κλιματικής Αλλαγής, περιορίζοντας τις χρήσεις και δόμηση των χερσαίων και υδάτινων εκτάσεων της περιοχής, σύμφωνα με την Κοινή Υπουργική Απόφαση που συνυπέγραψε και το Υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων.
Στο σχετικό ΦΕΚ (353/06-09-2010) παρουσιάζεται αναλυτικά ο καθορισμός μέτρων που θα προστατέψουν την περιοχή του Πάρνωνα, που διαθέτει άγρια ορνιθοπανίδα και χλωρίδα ιδιαίτερης οικολογικής σημασίας.
Σύμφωνα με την ΚΥΑ, ως Περιοχές Απόλυτης Προστασίας της Φύσης καθορίζονται η συστάδα δενδρόκεδρου Μονής Μαλεβής και ο υγρότοπος Μουστού. Σε αυτές επιτρέπονται κατ΄ εξαίρεση ερευνητικές εργασίες μετά από ειδική άδεια, εργασίες αναβάθμισης και διατήρησης των χαρακτηριστικών του φυσικού περιβάλλοντος, έργα σήμανσης για μονοπάτια, παρατηρητήρια και επίσκεψη της περιοχής μόνο σε καθορισμένα μονοπάτια.
Ως Περιοχές Προστασίας της Φύσης καθορίζονται τα δάση δενδρόκεδρου Πραστού, Αγίου Βασιλείου-Πλατανακίου και Παλαιοχωρίου. Συμπεριλαμβάνονται οι περιοχές κορυφών Πάρνωνα, Μαζιάς-Κοντολινάς, Αγίου Ιωάννη-Ορεινής Μελιγούς και οι περιοχές χαράδρας Δάφνωνα, Μονών Ελώνης και Μελιγούς, καθώς και ο Υγρότοπος Μουστού. Σε αυτές επιτρέπονται ερευνητικές εργασίες και υφιστάμενες δραστηριότητες που έχουν κυρίως παραδοσιακό χαρακτήρα (δασοπονία, μελισσοκομία, ελεύθερη βόσκηση, γεωργικές καλλιέργειες). Ακόμη, δίνεται η δυνατότητα για τον εκσυγχρονισμό των υφιστάμενων εγκαταστάσεων για την εξυπηρέτηση της κτηνοτροφίας και για έργα ανάδειξης με σκοπό την προστασία και ανάδειξη της περιοχής. Ενώ επιτρέπεται η πρόσβαση πεζών, απαγορεύεται η συλλογή φυτών, η φύτευση ειδών ξένων προς αυτά της περιοχής καθώς και η δόμηση. Κατ΄ εξαίρεση δίνεται η δυνατότητα σε νόμιμα υφιστάμενα κτίρια να διατηρήσουν τη χρήση τους και να κάνουν προσθήκες για λόγους υγιεινής, ασφάλειας, αποθήκευσης νερού, εξοικονόμησης ενέργειας, εγκατάστασης μικρών μονάδων ΑΠΕ, ενώ απαγορεύεται η χωροθέτηση αιολικών σταθμών παραγωγής ηλεκτρικής ενέργειας και νέων λατομείων.
Τα ρέματα Δάφνωνας, Βρασιάτης και Τάνος οριοθετούνται κατά μήκος σε πλάτος 50 μέτρων από την ακτή τους και προστατεύονται. Στις περιφερειακές εκτάσεις που περιγράφει η ΚΥΑ επιτρέπονται οι ήπιες, παραγωγικές χρήσεις και η δόμηση που είναι συμβατή με τον χαρακτήρα της περιοχής. Η ΚΥΑ καθορίζει ακόμη ότι τα δάση και οι δασικές εκτάσεις κρατούν το δασικό τους χαρακτήρα, διατηρείται και προστατεύεται η αυτοφυής βλάστηση στις όχθες των ρεμάτων και υγροτόπων, δεν επιτρέπεται η οριοθέτηση λατομικών ζωνών κατά εφαρμογή των σχετικών διατάξεων του ν.1428/84 (Α΄15) όπως ισχύει και τα λατομεία αδρανών. Ειδικότερα για τις επεκτάσεις των παραδοσιακών οικισμών απαιτείται η σύμφωνη γνώμη του φορέα διαχείρισης. Επιτρέπεται η βελτίωση και αναβάθμιση του υφιστάμενου οδικού δικτύου και των δικτύων υποδομών μετά από τη σύμφωνη γνώμη του φορέα διαχείρισης. Συνημμένο το ΦΕΚ.