Με διάταξη, προβλέπεται ότι σε συγκεκριμένες απαλλοτριώσεων περιπτώσεις, όπου το Δημόσιο διεκδικεί την επιστροφή χρημάτων, ισχύουν οι διατάξεις του Κώδικα Εισπράξεων Δημοσίων Εσόδων ως προς τον τρόπο και τις διαδικασίες βεβαίωσης και είσπραξής τους. Δηλαδή οι διεκδικήσεις του Δημοσίου αντιμετωπίζονται ως οφειλές στην Εφορία, για άμεση είσπραξη ή σε περίπτωση μη απόδοσής τους για την ενεργοποίηση των προβλεπόμενων αυστηρών ποινών και προστίμων. Η συγκεκριμένη ρύθμιση αφορά κατά προτεραιότητα τις απαλλοτριώσεις για το σιδηρόδρομο στο Νομό Κορινθίας, όπου η ΕΡΓΟΣΕ βρίσκεται σε διαμάχη με περισσότερους από 800 ιδιοκτήτες ακινήτων, από τους οποίους ζητεί επιστροφές χρημάτων από απαλλοτριώσεις. Εδώ και δύο χρόνια το Εφετείο Ναυπλίου αποφάσισε την επιστροφή 18 εκατομμυρίων ευρώ στην ΕΡΓΟΣΕ, ανατρέποντας προηγούμενη απόφαση του Πρωτοδικείου Κορίνθου. Συγκεκριμένα το Πρωτοδικείο είχε επιδικάσει την καταβολή αποζημίωσης ύψους 48 εκατ. ευρώ, εκ των οποίων το Εφετείο ζητεί να επιστραφούν τα 18 εκατ. ευρώ, ανοίγοντας το δρόμο νέων δικαστικών διενέξεων και διεκδικήσεων. Κύκλοι της ΕΡΓΟΣΕ αναφέρουν ότι η νέα ρύθμιση που αντιμετωπίζει ως φορολογικές οφειλές τις διαφορές μεταξύ προσωρινών και οριστικών αποζημιώσεων οδηγώντας στην άμεση είσπραξή τους αφορά το σύνολο των περιοχών που διασχίζει ο κεντρικός σιδηροδρομικός άξονας Πατρών - Αθηνών - Θεσσαλονίκης - Ειδομένης (ΠΑΘΕ). Ειδικότερα στο βόρειο άξονα της Πελοποννήσου, λένε οι ίδιες πηγές, στην γραμμή Κιάτου - Πάτρας έχουν γίνει απαλλοτριώσεις που υπερβαίνουν τα 300 εκατομμύρια ευρώ, από τις οποίες η ΕΡΓΟΣΕ υπολογίζει να ανακτηθούν περί τα 70 εκατομμύρια ευρώ. Ανάλογες «διαμάχες» ΕΡΓΟΣΕ - ιδιοκτητών αναμένονται και στην κεντρική Ελλάδα, για τα σιδηροδρομικά έργα Λιανοκλαδίου κ.λπ. Παράλληλα εκτιμάται αφ' ενός μεν ότι η νέα ρύθμιση για τα σιδηροδρομικά έργα μπορεί να αποτελέσει πρόκριμα συνολικά για την αναμόρφωση του πλαισίου αποζημιώσεων για όλες τις κατηγορίες έργων, κυρίως αυτοκινητοδρόμων, που αφορούν πολλές χιλιάδες ιδιοκτήτες σε όλη τη χώρα, αφ' ετέρου δε ότι από την επομένη της ισχύος της, η νέα ρύθμιση θα γίνει αντικείμενο προσφυγών και ένδικων μέσων από θιγόμενους ιδιοκτήτες.