Τα βασικά προβλήματα της λίμνης της Καστοριάς είναι τα φυτοφάρμακα, οι φερτές ύλες από τους χείμαρρους και το ίζημα που υπάρχει στο βυθό.Το θέμα του ιζήματος πρόκειται να εξεταστεί από το ΙΓΜΕ τον προσεχή Μάιο, με χρηματοδότηση από την Νομαρχία Καστοριάς.
