Διακόσιοι υγροβιότοποι στα νησιά του Αιγαίου, αρκετοί από τους οποίους φιλοξενούν σπάνια και μοναδικά στον κόσμο είδη χλωρίδας και πανίδας, απειλούνται με υποβάθμιση και καταστροφή εξαιτίας της άναρχης τουριστικής και οικιστικής ανάπτυξης, της υπερβόσκησης καθώς και του παράνομου κυνηγιού. Το 75% των υγροβιοτόπων του Αιγαίου χρησιμοποιείται από τους ανθρώπους χωρίς συνετή διαχείριση παρά το ότι οι μισοί από αυτούς εμπίπτουν σε κάποιο θεσμικό καθεστώς προστασίας. Οι συνήθεις χρήσεις, χωρίς όμως σχεδιασμό ή μέτρα προστασίας, είναι η άρδευση, η ύδρευση, το κυνήγι και η κτηνοτροφία. Αυτά συμβαίνουν ακόμα και σε υγροβιότοπους, που βρίσκονται υπό καθεστώς πλήρους προστασίας.