Τοξικά, όπως μόλυβδος, νικέλιο και υδράργυρος, είναι οι ουσίες από τις οποίες κινδυνεύουν μεγάλες λίμνες της Ελλάδας, μερικές από τις οποίες έχουν χαρακτηριστεί και ιδιαίτερου περιβαλλοντικού κάλλους.

Ειδικότερα, έχει παρατηρηθεί υπέρβαση σε:

- Νικέλιο σε 10 περιοχές: Αλιάκμονας, λίμνες Κορώνεια, Βόλβη, Βιστονίδα, Μαραθώνα, λεκάνη Πτολεμαΐδας, Νέστος, λίμνη Καστρακίου, Σπερχειός και Κομψάτος.

- Μόλυβδο σε 20 περιοχές: Μεγάλη και Μικρή Πρέσπα, Κορώνεια, λίμνη Αμβρακία, Αλιάκμνονας, λίμνη Πολυφύτου, λεκάνη Πτολεμαΐδας, Βεγορίτιδα, λίμνες Πετρών και Οζερός, Εβρος, Ερυθροπόταμος, Αρδας, Χείμαρρος Λουτρού, Νέστος, Λισσός, Κομψάτος, Φρ. Βοζβοζή και Βιστονίδα.

- Υδράργυρο σε 5 περιοχές: Πηνειός, Ηλείας, Μεγανίτης, Ευρώτας, Μόρνος, Βοιωτικός Κηφισός.

- Φθαλικό δι (2-αιθυλεξύλιο) σε 5 περιοχές: Αλιάκμονας, Στρυμόνας - Προμαχώνας, Μικρή Πρέσπα, λίμνη Τριχωνίδα, Βοιωτικός και Κηφισός.

- Ενευλοφαινόλες (4-π-ενευλοφαινόλη) σε 3 περιοχές: λίμνη Τριχωνίδα, Εβρος και Νέστος.

- Εξαχλωροβουταδιένιο σε 3 περιοχές: Βοιωτικός, Κηφισός, Σπερχειός και λίμνη Καστοριάς.

Στις περισσότερες περιπτώσεις, με βάση τα διαθέσιμα ποιοτικά χαρακτηριστικά, τα νερά των ποταμών και των λιμνών πληρούν τις προϋποθέσεις για παραγωγή πόσιμου νερού έπειτα από κατάλληλη επεξεργασία.

Εξαίρεση αποτελούν οι λίμνες Λαγκαδά, Βιστονίδα και Χειμαδίτιδα, το ρέμα Σουλού και οι ποταμοί Λουδίας, τμήμα του ποταμού Αλφειού, Ασωπός και Πηνειός Ηλείας. Προβληματική, αν και όχι ακατάλληλη, είναι η ποιότητα των νερών των ποταμών Αξιού, Εβρου, Νέστου, Πηνειού Θεσσαλίας, Τιταρησίου και Κοσύνθου.

Ευτροφισμό εμφανίζουν οι λίμνες Λαγκαδά, Μητρικού, Βιστονίδα, Βόλβη, Πετρών, Μαραθών, Μόρνου, Υλίκη, Παραλίμνη και Σταμάτας, ενώ εξετάζεται να χαρακτηριστούν ως ευαίσθητες ως προς ευτροφισμό οι: Κερκίνη, Βεγορίτιδα, Δοϊράνη, Ζάζαρη, Καστοριάς, Λυσιμαχία, Παμβώτιδα και Χειμαδίτιδα.